El mercado de certificados basados en proyectos generados en el marco del Mecanismo para un Desarrollo Limpio (MDL) está desdoblado en dos: el mercado primario y el mercado secundario. En el mercado primario, los realizadores de proyectos de mitigación en el mundo en desarrollo venden sus certificados de reducción de emisiones (CERs) (emitidos por el Comité Ejecutivo del MDL) a un comprador del mundo desarrollado, mediante la firma de un “Acuerdo de Compra Venta de Reducción de Emisiones” (ERPA por sus siglas en inglés). Las transacciones se realizan mayormente mediante contratos a futuro, es decir, antes de que los certificados sean efectivamente expedidos. Por tal motivo, los precios de los CERs primarios dependen en gran medida del riesgo intrínseco de cada proyecto. Los riesgos relacionados con los CERs primarios son múltiples: riesgo de que el volumen de créditos efectivamente entregado sea inferior al volumen acordado en el ERPA, riesgo de no registro, riesgo de demora, riesgo de que algún tipo de proyecto especifico (por ejemplo, grandes proyectos hidroeléctricos) no sean aceptados en el EU ETS e incertidumbre respecto de lo que ocurrirá luego de 2012 (momento en el cual la certeza de demanda de certificados disminuirá fuertemente, pues finaliza el primer período de compromiso del Protocolo de Kioto). En el mercado secundario, lo que se comercializa son CERs ya emitidos. Aquí las operaciones tienen lugar entre operadores financieros y no involucran de manera directa a los desarrolladores de proyectos en países en desarrollo. Es decir que una fuerte actividad en el mercado secundario del MDL no implica que efectivamente se estén financiando y ejecutando numerosos proyectos de mitigación en los países en desarrollo, como sí ocurre, en cambio, si se da una fuerte actividad en el mercado primario. Los precios de los CERs secundarios están altamente ligados a la actividad del mercado europeo (EU ETS). De todos modos, existe una importante interconexión entre el mercado primario y secundario de CERs: si existen demoras en la certificación y entrega de certificados primarios se generan numerosos problemas para los intermediarios y vendedores de CERs en el mercado secundario, pues los operadores no cuentan con suficientes activos para cumplir con sus compromisos de entrega y se ven forzados a comprar CERs en el mercado spot (a mayor precio) para cumplir con sus obligaciones pactadas. Para cubrirse frente a estos riesgos, se está extendido cada vez más el uso de derivados financieros, principalmente calls (opciones de compra), lo que muestra el creciente grado de sofisticación que están adquiriendo los mercados de carbono, en especial el mercado del MDL. De hecho, las plataformas de comercio, que solían estar dominadas por bancos y empresas, muestran ahora una presencia creciente de fondos de inversión, traders de energía y empresas que usan el mercado de opciones tanto como estrategia de cobertura (tanto en volúmenes como en precios), como para realizar transacciones financieras independientes de toda actividad real de mitigación.